Falls beispielsweise für eine offene Debitorenrechnung eine Teilzahlung geleistet wurde, kann die Verrechnung nicht über den Menüpunkt OP-Abgleich erfolgen, da der Saldo von Rechnung und Zahlung nicht 0 ergibt (s. Kap. 1.9).
Die Verrechnung kann in diesem Fall bei Bedarf über den Menüpunkt Manuelle Zahlungen buchen vorgenommen werden.
Bsp: Ein Debitor erhielt eine Rechnung mit dem Betrag CHF 5472.-. Nun hat er eine Teilzahlung von CHF 2000.- geleistet.
Kontoauszug und OP-Liste sehen vor der Verrechnung folgendermassen aus:
Um die Verrechnung vorzunehmen, klicken Sie auf den Menüpunkt Manuelle Zahlungen buchen. Die Verrechnungsbuchung wird wie eine normale Zahlung erfasst, allerdings mit dem Betrag 0. Als Zahlungskonto kann gegebenenfalls auch ein Durchlaufkonto gewählt werden.
Wählen Sie im Feld Deb-Suchbegriff den Debitor aus und klicken Sie anschliessend die Zahlung an, die mit der Rechnung verrechnet werden soll.
Verrechnen Sie die Zahlung, indem Sie den Zahlungsbetrag
mit einem Minus eingeben. Bestätigen Sie die Buchung mit einem Klick auf die
Schaltfläche 
Buchen:
Nach dem Klick auf die Schaltfläche 
Buchen bleiben Sie auf der
Buchungsmaske stehen. Gleichen Sie nun die Rechnung aus, indem Sie sie anwählen.
Bestätigen Sie erneut mit Klick auf Buchen:
Auf dem Kontoauszug erscheint der Posten nun als Nettobetrag:
In der Untertabelle Alle sind sämtliche Buchungen (auch die Verrechnungsbuchungen) sichtbar:
Die OP-Liste präsentiert sich folgendermassen:
Das gleiche Vorgehen kann auch angewendet werden für das Verrechnen von einer Rechnung mit einer Gutschrift, falls die Beträge nicht auf 0 aufgehen sollten.
Falls mehrere Teilzahlungen geleistet wurden für eine Rechnung, müssen die beschriebenen Schritte für jede Teilzahlung vorgenommen werden.
Ist der Betrag der Zahlung höher als jener der Rechnung muss nach den oben genannten Schritten die Differenz zwischen Zahlung und Rechnung noch als Vorauszahlung gebucht werden.
Bsp: Ein Debitor erhielt eine Rechnung mit dem Betrag CHF 4830.-. Nun hat er eine Zahlung geleistet von CHF 6000.-.
Nach dem Abgleichen der Zahlung und der Rechnung bleibt
die Buchungsmaske stehen mit dem Restbetrag. Aktivieren Sie die Schaltfläche
Vorauszahlung und bestätigen Sie über die Schaltfläche 
Buchen:
